عوامل ویروسی منتقله از طریق خون  blood borne viruses)  )

  Hepatitis B Virus (HBV)      

ویروس هپاتیت B یکی از مهمترین ویروس هایی است که از طریق خون منتقل می شوند. HBV علاوه بر خون از طریق ارتباط جنسی و همچنین از مادر به جنین منتقل می گردد و سلول های کبد را آلوده می کند. دوره کمون بیماری بعد از تماس با ویروس بین 3-1 ماه می باشد.

 ژنوم آن از جنس DNA  حلقوی است که به  صورت ناقص دو رشته ای می باشد و در خانواده هپادناویریده قرار دارد. عفونت HBV  در افراد آلوده  می تواند رنژ وسیعی از تظاهرات کلینیکی را ایجاد کند. در بیشتر افراد بالغ با سیستم ایمنی سالم عفونت HBV  از نوع حاد و خود محدود شونده است و ظرف مدت 6-3 ماه عفونت پاکسازی می شود. عفونت HBV در 5 تا 10% افراد بالغ و در 80%نوزادان آلوده به عفونت مزمن تبدیل می شود. عفونت مزمن در افراد آلوده  می تواند به صورت فعال یاغیر فعال باشد. تفاوت این دو گروه در میزان غلظت ویروس در خون افراد آلوده و همچنین  وجود و یا عدم وجود التهاب کبد می باشد.

 تشخیص:

با استفاده از تکنولوژی Real Time PCR  که در آن از ناحیه کانزور ژنوم  HBV جهت تشخیص استفاده می شود می توا ن ضمن تشخیص اولیه عفونت، میزان بار ویروس در نمونه بیمار و همچنین پاسخ به درمان را مانیتور کرد.   بنابرای تست HBV PCR  به دو صورت کیفی( مثبت و منفی) و کمی (viral load ) انجام می گیرد. تست کمی قبل از شروع درمان حد پایه ویروس در خون فرد آلوده را مشخص می کند. همچنین در حین درمان لازم است در فاصله های زمانی سه تا شش ماه، بار ویروس در خون مشخص گردد. 

  روز های انجام تست:   یک شنبه

  Hepatitis C Virus (HCV)     

HCV ویروسی است که ژنوم آن از جنس RNA بوده و به خانواده فلاوی ویروس ها تعلق دارد. عمدتا از طریق خون  منتقل می شود. در حال حاضر 60 % از موارد جدید ابتلا به مصرف کنند های مواد مخدر تزریقی اختصاص دارد اما سایر روش های انتقال سرمی نیز دیده می شود مثل فرو رفتن اتفاقی سوزن آلوده در دست کادر درمان ، در طی فرایند دیالیز بیماران  و به ندرت از مادر به جنین. انتقال جنسی روش کارآمدی برای انتقال ویروس نیست ولی باین وجود این روش 10% موارد انتقال را به خود اختصاص می دهد  به خصوص در افرادی که  چندین شریک جنسی دارند. در افراد آلوده %75 تا 85% موارد ابتلا، عفونت به سمت مزمن شدن پیش می رود. در نیمی از افرادی که به صورت مزمن آلوده به عفونتHCV   می باشند  سطح آنزیم کبدی ALT  افزایش خواهد یافت.  با پیشرفت بیماری التهاب کبد و مرگ سلول های کبدی منجر به فیبروز کبد می شود. در 20% ازاین بیماران، فیبروز به سمت  سیروز پیشرفت می کند.  خطر ابتلا به HCC در مبتلایان مزمن بعد از گذشت 20 سال از شروع عفونت بین  5-1%    می باشد.

   تشخیص:

با استفاده از تکنولوژی Real Time PCR   می توا ن ضمن تشخیص اولیه عفونت ، میزان بار ویروس در نمونه بیمار و همچنین پاسخ به درمان را مانیتور کرد.  تست  HCV PCR به دو صورت کیفی( مثبت و منفی)  و کمی (viral load ) انجام می گیرد. RNA ویروس میتواند 2 تا 3 هفته بعد از آلودگی با استفاده از این تست شناسایی شود.

  روزهای انجام تست: سه شنبه  

 (HDV) Hepatitis D

ویروس هپاتیت D، ویروسی است که از طریق خون منتقل می شود این ویروس  فقط در حضور HBsAg تکثیر می یابد. در واقع پارتیکل ویروس HDV، حاوی RNA ویروس درون پوششی از جنس  HBsAg می باشد. ویروس تنوع ژنتیکی بالایی دارد و  تا به حال، هشت ژنوتیپ مختلف از ویروس شناسایی شده است. در سرتا سر جهان، حدود 75 میلیون نفراز بیماران مبتلا به HBV، همزمان به ویروس HDV  نیز آلوده هستند. شیوع این ویروس در معتادان تزریقی و افراد هموفیلی و در کل کسانی که مکررا تزریق خون داشته اند بیشتر است. در بیماران مبتلا به, HBV  عفونت HDV به دو صورت ممکن است دیده شود. در صورتیکه عفونت HBV  وHDV  به طور همزمان اتفاق بیافتد به آن  coinfection گفته می شود  که دراین حالت عفونت شدید می باشد واغلب منجر به نارسایی حاد برق آسای کبد (acute fulminant hepatic failure (  می شود. میزان مرگ و میر عفونت coinfection، بیشتر از عفونت HBV به تنهایی است.  نوع دیگر عفونت HDV که به سوپر اینفکشن معروف است به دنبال عفونت مزمن HBV اتفاق می افتد که منجر به هپاتیت ویروسی مزمن می شود. دراین حالت نیز پیشرفت بیماری سریعتر رخ می دهد   . هپاتیت D مزمن، جدی ترین و مهمترین نوع هپاتیت ویروسی در انسان است. در بیماران آلوده به HDV، احتمال بروز سیروز کبدی، ناتوانی کبد و هپاتوسلولار کارسینوما نسبت به سایر هپاتیت های ویروسی بیشتر است.

 تشخیص

به منظور جلوگیری از انتقال عفونت HDV، تمام افردی که به HBV آلوده هستند باید از نظر HDV غربالگری شوند.  مهمترین روش غربالگری، شناسایی وجود anti-HDV از نوع توتال و IgM می باشد.  مطالعات نشان داده است که لود ویروس  می تواند در بروز بیماریهای کبد نقش داشته باشد. بررسی کمی ژنوم ویروس در خون افراد آلوده، در مانیتورینگ بیماران و همچنین بررسی پاسخ آنها به درمان نقش مهمی دارد.

   روز های انجام تست:سه شنبه

 Human immunodeficiency virus (HIV)

 ویروس HIV در خانواده رترویروس ها قرار دارد ژنوم آن به صورت دیپلوئید و  از جنس RNA  تک رشته می باشد.  تخمین زده می شود که تقریبا 37.9 میلیون نفر در سطح جهان به ویروس HIV  آلوده هستند. دو تایپ اصلی از ویروس  HIV وجود دارد که شامل  1-HIV و2-HIV می باشد.95% عفونت  HIV در سراسر دنیا ناشی از1-HIV می باشد. علیرغم روش های  تشخیص کارآمد و دارو های ضد ویروسی موثر ولی همچنان عفونت HIV  در سطح دنیا با مرگ و میر زیادی همراه است. بعد از ورود ویروس به بدن  ابتدا ویروس HIV وارد بافت مخاطی شده و از طریق جریان خون به غدد لنفاوی منتقل  میشود.

تشخیص

 تقریبا  با استفاده از تست های مولکولی، 10 روز بعد از ورود ویروس به بدن  قابل شناسایی است در حالیکه عفونت HIV با روش های سرولوژی بین 16 روز تا سه هفته بعد از شروع  آلودگی  شناسایی خواهد شد.  در صورت تایید مثبت شدن تست  HIV، قبل از شروع درمان  جهت تعیین استراتژی درمان ART، باید تیتر HIV viral load   مشخص گردد.  همچنین لازم است   8-2 هفته بعد از شروع درمان  یا تغییر آن  و همچنین  به طور معمول هر 12- 3 ماه در حین درمان نیز جهت مشخص کردن میزان پاسخ  تیتر ویروس به درمان ،   تیتر ویروس در پلاسمای بیمار اندازگیری شود. در مورد نوزادان متولد شده از مادر آلوده باید تست مولکولی HIV در فاصله  3-2  هفته ، 2- 1 ماه  و 6-4 ماه بعد از تولد انجام شود.

  زمان انجام تست: سه شنبه

 HTLV-1)) human T lymphotropic virus type 1

  HTLV-1 در خانواده رتروویروس ها قرار دارد و از نظر بیولوژی و ساختار شبیهHIV   می باشد.  مهمترین راه انتقال آن ارتباط جنسی است همچنین به صورت عمودی به خصوص از طریق تغذیه با شیر مادر و البته از طریق جفت، انتقال خون، عضو و داروهای تزریقی می توان منتقل شود. دردرصدی از بزرگسالان عفونت می تواند منجر به  لوکمی T CELL   (ATL) شود.    

    نمونه لازم  جهت برر سی عفونت های  ویروسی منتقله از طریق خون  :

خون حاوی EDTA(5mL-3)، پلاسما، سرم

  شرایط رد نمونه:

1-حجم ناکافی

2-نشت نمونه به خارج از ظرف

 3- استفاده از ضد انعقاد هپارین

 5- عدم تطابق برگه درخواست آزمايش با نوع نمونه و مشخصات آن

6-نگهداری و انتقال نمونه در دمای نامناسب

 7-  لیز نمونه

 8 – نمونه بدون لیبل و یا با لیبل نامناسب

   شرایط نگهداری و ارسال نمونه

نمونه خون در طی 6 ساعت  سانتریفوژ شده و پلاسما جدا گردد.   DNA و RNA  ویروس  در دمای 4 درجه به مدت 72 روز، در دمای -20 تا چند هفته و در دمای -70 تا چندین ماه پایدار می ماند. نمونه خون و پلاسما جدا شده در دمای 8-2 درجه  به آزمایشگاه منتقل گردد.

  سندرم ویروس های تنفسی(Viral  respiratory  syndrome) 

     بیشتر عفونت های دستگاه تنفسی توسط عوامل ویروسی ایجاد می شود. تشخیص صحیح و به موقع این عفونت ها در مدیریت بیماری و همچنین تجویز بی مورد آنتی بیوتیک نقش  مهمی دارد.  لود ویروس موجود در دستگاه تنفسی دو روز بعد از شروع علائم به پیک خود می رسد و به تدریج در طی 8-5 روز به کمترین حد خود می رسد.  نمونه مناسب بستگی به تظاهرات بالینی بیمار دارد. 

  ویروس سنسشیال تنفسی Respiratory Syncytial Virus (RSV)

ویروس  RSV، در خانواده  Pneumoviridae و جنس Orthopneumovirus  قرار دارد و ژنوم آن از نوع RNA تک رشته ای و پوشش دار می باشد.  

عفونت RSV، در سراسر جهان شایع است و بیشتر افراد  تا سن سه سالگی با این ویروس آلوده می شوند. در آمریکا  بیشتر از یک چهارم عفونت دستگاه تنفسی تحتانی کودکان زیر 5 سال ناشی از ویروس RSV برآورد شده است. عفونت های مجدد ناشی ای از این ویروس  در افراد اتفاق می افتد ولی معمولا به دلیل وجود ایمنی،  شدت بیماری نسبت به عفونت اولیه کمتر می باشد. به هرحال در افراد مسن تر به دلیل افت پاسخ ایمنی و همچنین در افراد با نقص سیستم ایمنی عفونت شدیدتر و طولانی تر مشاهده می شود که همرا است با بستری شدن در بیمارستان و افزایش میزان مرگ و میر این افراد به خصوص در افراد بالای 65 سال. در مناطق کوهستانی پیک عفونت های فصلی در ماه های زمستان اتفاق می افتد. به دنبال برخورد با عوامل ویروسی بعد از یک  دوره انکوباسیون 4 تا 8 روز در کودکان  و افراد بزرگسال با سیستم ایمنی سالم یک عفونت سیستم تنفسی فوقانی ایجاد می شود که در این حالت علائم بیماری شامل آبریزش از بینی، سرفه خشک، گلو درد،  تب پایین، عطسه و سردرد می باشد. عفونت RSV در کودکان کم سن (زیر 12 ماهگی)، افراد مسن و افراد با نقص سیستم ایمنی و بیمارانی که مشکل قلبی و یا ریوی دارند، بیماری شدیدتری ایجاد کرده و در این افراد می تواند مهمترین عامل برونشیولیت و پنومونی  باشد. نوزادان نارس در صورت آلوده شدن شدیدترین  شکل عفونت را می توانند تجربه کنند.  

     عفونت ویروس آنفلونزا( (influenza virus infection

عوامل ویروسی آنفلونزا متعلق به خانواده Orthomyxoviridae  می باشند. پارتیکل های  ویروسی آنفلونزا ذراتی هستند پوشش دار که ژنوم آنها از نوع RNA  و سگمانته می باشد. این ویروس  ها در سه گونه(تایپ) اصلی متعلق به سه جنس متفاوت دسته بندی شده اند که شامل:  گونه ویروس Influenza A (جنس Alphainfluenzavirus )، گونه  ویروس  Influenza B  ( جنس  Betainfluenzavirus ) و گونه ویروس  Influenza C( جنس Gammainfluenzavirus). در سطح پوشش ویروس دو نوع گلیکو پروتئین  سطحی به نام های هماگلوتینین(  HA) و نوآمینداز ( NA) وجود دارد که بر اساس این گلیکوپروتئین ها ویروس های تیپ آنفلونزای A  به چندین ساب تایپ دسته بندی می شوند. 

 از نظر اپیدمیولوژی پیک عفونت آنفلونزا در مناطق کوهستانی در ماههای زمستان و در مناطق گرمسیری ممکن است در تمام طول سال اتفاق بیافتد. به دلیل تغییرات ژنتیکی ناشی از تجمع موتاسیون ها و نوترتیبی قطعات ژنوم ویروس آنفلونزا، ایمنی به وجود آمده ناشی از عفونت گذشته در بدن افراد ممکن است مانع  بروز عفونت جدید نشود. واکسن های آنفلونزا هر سال بر اساس پیش بینی استرینی که می تواند در چرخش باشد ساخته می شوند. انواع واکسن های زنده ضعیف شده، غیرفعال و نوترکیب با فرمولاسیون مولتی والانت   شامل دوساب تایپ ویروس آنفوانزی A ) H3N2 و H1N1) و آنفلو نزای تیپ B   مورد تایید قرار گرفته اند. لازم به ذکر است که آنفلونزای A تعداد زیادی از گونه های پرندگان و پستانداران را آلوده می کند در حالیکه آنفوانزای B  و  C فقط انسان را آلوده می کند.

  علائم بالینی آنفلونزا معمولا به طور میانگین دو روز( بین 4 -1 روز ) بعد از برخورد با عوامل ویروسی ظاهر می شود. علائم ناشی از عفونت آنفلونزا ممکن است با علائم ناشی از  سایر عفونت های تنفسی همپوشانی داشته باشد.  به طور شایع عفونت آنفلونزا با تب، بدن درد، سردرد، ضعف عمومی و علائم عفونت دستگاه تنفسی فوقانی شروع می شود. شروع همزمان تب و سرفه در افراد مسن  می تواند نشانه وقوع آنفلونزا در این افراد باشد. عفونت های ثانویه ناشی از باکتری استافیلوکوکوس اورئوس، استرپتوکوکوس پنومونیه می تواند باعث افزایش میزان بد حالی و مرگ و میر این افراد باشد. در مواقع نادر، عفونت آنفلونزا می تواند با عوارض قلبی و عصبی عضلانی مثل پریکاردیت، میوکاردیت، میوزیت، سندرم ری و  مننزیت آسپتیک همراه شود. 

  SARS-CoV -2 

ویروس SARS-CoV -2 در دسامبر 2019 در ووهان چین پدیدار شد و تا به حال باعث آلوده شدن بیشتر از ششصد میلون نفر و مرگ بیشتر از شش میلیون نفر در سرتاسر دنیا شده است. این ویروس در خانواده کرونا ویرویده و جنس  Betacoronavirus قرار دارد.از زمان شناسایی این ویروس تا به حال چندین واریانت ژنتیکی از آن شناسایی شده است. واریانت هایی که قابلیت انتقال بیشتر، القاء بیماری شدیدتر و همچنین ممکن است باعث کاهش کیفیت و کارآیی واکسن شوند، به عنوان واریانت های نگران کننده دسته بندی شده اند. دوره انکوباسیون بیماری به طور متوسط 4 روز است.   

 علائم بیماری طیف گسترده ای دارد می تواند باعث درگیری دستگاه تنفسی فوقانی، سندرم تنفسی حاد (ARDS) و درگیری چند عضو و در نهایت مرگ شود. سایر عوارض کلینیکی شامل  سندرم گوارشی، تغییرات وضعیت عصبی، افزایش فشار خون، آسیب  قلبی حاد، نقص در عملکرد کبد و افزایش ایجاد لخته نیز مشاهده شده است.    

    ADENOVIRUSES

آدنو ویروس هااز جمله ویروس های هستند که قادر به ایجاد چندین سندرم بالینی متفاوت می شوند که شامل عفونت های تنفسی، چشمی، گوارشی، مجاری ادراری و CNS می باشد. این ویروس ها در افراد با نقض سیستم ایمنی می تواندعفونت طولانی و شدیدایجاد کنند. البته تعدادی از استرین ها قادر به ایجاد عفونت شدیددرافراد با سیستم ایمنی کارآمد هم می شوند. گاهی   آدنوویروس در فرد  عفونت طولانی مدت  ایجاد می کند (ماه ها تا سال ها ). ویروس آدنو به چندین طریق منتقل می شود که شامل: از طریق قطرات تنفسی، دهانی – مدفوعی( آب و غذای آلوده و از طریق استخر) ، مایعات بدن مثل اشک و اشیاء آلوده و همچنین به راحتی در محل های شلوغ و پرجمعیت مثل مدارس و مهدکودک ها منتقل می شود. آدنو ویروس به شدت در محیط پایدار است و به مدت چندین هفته در روی سطوح باقی می ماند. عفونت با آدنو ویروس فصلی نیست و در تمامی طول سال می تواند اقراد را آلوده کند. آدنو ویروس از عوامل شایع عفونت ها تنفسی و چشمی و گوارشی در سطح جامعه می باشد که در بیشتر موارد عفونت خفیف است ولی گاهی منجر به عفونت شدید و طولانی مدت در افراد می شود. اکثر سروتیپ های آدنوویروس قادر به ایجاد عفونت تنفسی خفیف و خود محدود کننده هستند که دوره کمون آن معمولا یک هفته می باشد. علایم رایج آن سرفه، تب، فارنژیت و آبریزش می باشد. ARDS که می تواند کشنده باشد و گاهی به صورت اپیدمی در بزرگسالان اتفاق می افتد. پنومونی ناشی از آدنو ویروس در کودکان کمتر از دوسال میزان بد حالی و مرگ و میر بالایی دارد.  عفونت کونژنکتیویت  ناشی از آدنو ویروس( چشم صورتی) یکی از شایع ترین عفونت های ناشی از آدنوویروس می باشد. سیستیس هموراژیک بیشتر در پسر بچه ها دیده می شود. عفونت گوارشی آدنو ویروس منجر به اسهال آبکی می شود.  همچنین  در مواردی می تواند منجر به  انسفالیت و میو کاردیت و هپاتیت شود. 

در مواقعی که  عفونت های ناشی از آدنو ویروس بدون علامت و خود محدود شونده است، نیاز به انجام تست نیست. در افراد بدون علامت آدنو ویروس تا چندین ماه بعد از عفونت اولیه می تواند منتشر شود. به منظور تشخیص،از محل درگیر عفونت باید نمونه گرفته شود که شامل موارد زیر می باشد. 

 نمونه های تنفسی( سواب نازوفارنزیال و گلو، خلط، آسپیره بورنشیال)

 ، سواب کونژنکتیویت، ادرار، پلاسما و بافت

   تشخیص آزمایشگاهی عفونت های تنفسی :

 بهترین و سریعترین روش تشخیص عفونت تنفسی روش مولکولی است که با حساسیت واختصاصیت بالا ودر کوتاهترین زمان ممکن قادر به شناسایی عفونت می باشند. 

  روش های مولکولی می توانند به صورت مولتی پلکس چندین عامل عفونی دخیل در سندرم تنفسی را به طور همزمان شناسایی کنند.

                      نمونه لازم:

بهترین نمونه جهت تشخیص عفونت تنفسی فوقانی سواب نازوفارنژیال می باشد.  در کنار آن  سواب و ترشحات  گلو و بینی نیز می تواند استفاده شود.     بیمارانی که دستگاه تنفس تحتانی آنها آلوده است، نمونه های ,sputum     endotracheal aspirate (ETA),  و  bronchoalveolar lavage (BAL)  حاوی بیشترین لود ویروس  و بنا براین حساسیت بالایی دارد.

   دسته سواب باید استیل و یا پلاستیک باشد. دسته سواب چوبی و همچنین سواب هایی از جنس کتان کلسیم آلژینات می توانند درفرآیند واکنش  PCR  تداخل ایجاد  کنند. جنس سواب ها باید داکرون  ، نایلون یا پلی استر  باشد وسواب ها باید درون لوله های حاوی  2–3 ml  از محیط VTM ( محیط ترانسپورت ویروس)    قرار داده شوند و به سرعت و در کوتاهترین زمان   در دمای ۸-۲ درجه سانتیگراد به آزمایشگاه منتقل شود. در صورت تاخیر ابتدا باید نمونه  در دمای ۲۰-  یا ۸۰- فریز شود و بعد با استفاده از یخ خشک به آزمایشگاه منتقل شود به آزمایشگاه منتقل شوند

BAL) ( Broncho alveolar Lavage

به میزان ml5-4 در ظرف استریل درب دارجمع آوری و  به سرعت فریز شود و به آزمایشگاه منتقل شود.

Sputum(خلط):

در ظرف استریل در دار و در دمای محیط طی 30 دقیقه به آزمایشگاه منتقل شود.

  و  در دمای  °8-2 تا حدکثر تا 24ساعت به آزمایشگاه منتقل و استخراج شود.

نمونه CSF

نمونه بلافاصله بر روی یخ به آزمایشگاه منتقل شود و RNA ویروس ظرف مدت 4-1 ساعت جدا شود. درغیر اینصورت بعد از جدا کردن RBC  های موجود در مایع  CSF، نمونه فریز شده و برروی یخ خشک به آزمایشگاه منتقل شود.

  شرایط رد نمونه:

1-نشت نمونه به خارج از ظرف

2-نگهداری و انتقال نمونه در دمای نامناسب

3-استفاده از سواپ پنبه ای و سواپ با دسته چوبی

  نمونه بدون لیبل و یا با لیبل نامناسب

روز های انجام تست:

روزانه

 عفونت های ویروسی پوستی و مخاطی

Human Papillomaviruses (HPV)         

عفونت ناشی از  ویروس HPV   شیوع جهانی دارد.از طریق تماس مستقیم منتقل می شود و معمولا بدون درمان ویروس  پاکسازی می شود. ولی به هر حال عفونت های پایدار می تواد  منجر به ایجاد سرطان شود.  برآورد می شود که 5/4 درصد از سرطا نهای کل دنیا رو در بر می گیرد. شایعترین سرطان رایج مرتبط با عفونت HPV، سرطان دهانه رحم می باشد به خصوص در کشورهایی با درآمد ضعیف تا متوسط. ویروس های HPV در خانواده پاپیلوما ویریده و جنس های آلفا، بتا ، گاما، مو و Nupapillomavirus  قرار دارند.  تا به حال بیشتر از 200 ژنوتیپ از این ویروس شناسایی شده است.  ویروسی است کوچک بدون پوشش و با ژنوم حلقوی دو رشته ای. تیپ های موجود در جنس آلفا به پوست یا مخاط تروپیسم دارند در حالیکه تیپ های موجود در سایر جنس ها فقط به اپی تلیال پوست تروپیسم دارند. تیپ های آلوده کننده مخاط به دو دسته پرخطر(hrHPV) (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, and 59)  و کم خطر تقسیم می شوند.  در  بیشتر موارد عفونت مخاطی HPV  به طور خود به خود پاکسازی می شود. عفونت پایدار با ژنوتیپ های کم خطر( در اغلب موارد تیپ 6 و  11 )  منجر به ایجاد زگیل در ناحیه آنوژنیتال  می شود و از طریق تماس جنسی منتقل می شود. HPV با خطر کم از طریق کانال زایمان می تواند به نوزاد منتقل شود و منجر به ایجاد پاپیلوماتوزیس تنفسی راجعه (نئوپلاسم خوش خیم حنجره) در کودک می شود.  عفونت پایدار با HPV های پرخطر منجر به ایجاد دیسپلازی و کارسینوما در ناحیه سرویکس و سایر نقاط آنوژنیتال( آنوس، ولوا، واژن و پنیس) می شود. همچنین می تواند با کارسینومای سرو گردن به خصوص اوروفارنژیال مرتبط باشد. تشخیص آزمایشگاهی عفونت کم خطر HPV زیاد ارزش کلینیکی ندارد. در عوض تشخیص hrHPV به عنوان محور اصلی برنامه  غربالگری  زود هنگام سرطان گردن  نقش مهمی در کاهش  بروز این سرطان در کشورهای شرکت کننده در این برنامه  داشته است.  انواع   تست هایی که به صورت تجاری مورد استفاده قرار می گیرند شامل تکنولوژی بر پایه  تکثیر اسید نوکییک  PCR, transcription mediated amplification),)،  سیگنال  امپلیفیکیشن(hybrid capture) و  شناسایی مستقیم  (in situ hybridization)  می باشد.

 نتایج تست  HPV باید با  توجه به  مجموع متغیر هایی مثل سن بیمار، سابقه بیمار و  نتیجه تست سیتولوژی تفسیر شود و بر اساس خطر مرتبط با پیشرفت به سمت سرطان اقداماتی شامل غربالگری دوره ای، کلوپوسکوپی و جراحی انجام گیرد. تشخیص به موقعHPV می تواند در مدیریت سرطان اوروفارنژیال نیز مفید باشد.

 نمونه های مورد نیاز برای انجام تست HPV (HR-LR):

نمونه های سرویکال با استفاده از Thin Prep

باید توجه کرد که در جمع آوری نمونه هدف اصلی برداشت سلول با استفاده از براش یا سواپ داکرون از ناحیه مورد نظر می باشد. در مواردی که در محل سرویکال ضایعه وجود دارد نمونه درست باید از آن ناحیه جمع آوری شود.

نکته: پیش از  جمع آوری  نمونه، باید به بیمار توصیه شود که ۲۴ ساعت قبل از جمع آوری نمونه از کرم های ضد قارچ و یا ژل های ضد بارداری استفاده نکند،دوش نگیرد و از رابطه جنسی خودداری کند.

شرایط نگهداری و ارسال نمونه   

قبل از استخراج  به مدت یک هفته در دمای 8-2 درجه  و دمای 20- به مدت طولانی تر قابل نگهداری است.

نمونه گیری از سطوح خارجی دستگاه تناسلی

باید توجه کرد که تیپ های HPV با ریسک کم در نواحی پایین تر دستگاه تناسلی و واژن قرار دارند.

در مواقعی که از سطوح خارجی دستگاه تناسلی زن و یا مرد مثل پرینوم ، آنوس و غیره نمونه گیری انجام میشود باید حتما با استفاده از سواپ مرطوب از سطوح کراتینه شده پوست ناحیه مورد نظر به حالت سایشی و مالشی نمونه برداشته شود. باید دقت شود که از منطقه مورد نظر به اندازه کافی سلول جمع آوری شود.

عفونت HPV  در مردان

مطالعات نشان داده اند که  مردان احتمالا نقش حامل را درعفونت HPV  ایفا می کنند و اغلب بدون علامت هستند.

  نمونه گیری از مردان

   مجموع دو نمونه ی   (PB) Penil Brushing  , Urethral Brushing(UB) دقیق ترین روش جمع آوری نمونه از آقایان  می باشد.

  نحوه نمونه گیری و ارسال

با استفاده از سواپ مرطوب از سطوح کراتینه پوست ناحیه مورد نظر PB و UB  به حالت سایشی و مالشی نمونه برداشته شود

مجموع دو نمونه ی  PB وUB  به داخل لوله ای که حاوی 3 میلی لیترمحلول VTM یا بافر نمکی – فسفاته (    PBS) ظرف مدت 

48 ساعت در دمای یخچال به آزمایشگاه منتقل شود.  در غیر اینصورت باید فریز شود.

نمونه ادرار هم میتواند استفاده شودولی حساسیت تست نسبت به سایر نمونه ها کمتر است .

 حجم مورد نیاز: mL 20-10 در ظرف استریل

 شرایط نمونه گیری و ارسال نمونه:

  به بیمار آموزش داده شود که ادرار خود را به مدت حداقل دوساعت نگه داشته باشد(نمونه مطلوب برای آزمایش مولکولی ، نمونه ای است که حداقل دو ساعت در مثانه مانده باشد).به مقدار 20-10 میلی لیتر ازابتدای  ادرار خود را درظرف استریل جمع آوری نماید. در دمای 8 -2 به آزمایشگاه منتقل شود. در دمای 4 درجه ادرار تا سه روز قابل نگهداری است. 

PH پایین و میزان بالای اوره از عوامل دناتوره کننده اسید نوکلِیک میباشند بنابراین نباید ادرار زیاد در دمای محیط قرار گیرد. 

 HSV-2   و HSV-1      

ویروس HSV درافراد بزرگسال به طور گسترده ای در سرتاسر دنیا شایع است.                    

به طور کلاسیک    HSV-1 از طریق غیر جنسی و عمدتا از طریق قطرات آب دهان در دوران کودکی منتقل می شود در حالیکه
 HSV-2 در بزرگسالی و عمدتا از طریق رابطه جنسی منتقل می شود. با این حال در حال حاضر روش انتقال دو تیپ HSV با هم همپوشانی قابل توجهی دارد. عفونت اولیه HSV-1 در کودکان علامت دار و به صورت فارنژیت و gingivostomatitis  می باشد و عود مجدد عمدتا به صورت تب خال بروز می کند.  در مورد HSV-2 شایعترین علامت اولیه زخم ژنیتال می باشد در حالیکه عود مجدد بیشتر بدون علامت و یا به صورت تحت بالینی می باشد. در جوامع با سطح اقتصادی بالا HSV-1 با شیوع بیشتری با عفونت ژنیتال مرتبط هستند. سایر تظا هرات بالینی مرتبط با عفونت HSV شامل تظاهرات پوستی، بیماری های چشمی، عوارض عصبی و بیماری های سیستمی می باشد. عفونت HSV  جنین در دوران بارداری می تواند با مرگ و میر و بیماری در جنین مرتبط باشد. خطر انتقال در عفونت اولیه مادر بیشتر است و همچنین  وجود آنتی بادی در خون مادر خطر انتقال را کم می کند. تشخیص به موقع عفونت حادHSV  تا حد زیادی می تواند به استراتژی مدیریت بیماری( درمان، پیشگیری، جلوگیری از انتشارعفونت )کمک کند.  

نمونه گیری

مایع درون ویزکولهای پوستی باید با استفاده از سرنگ جمع آوری و به آزمایشگاه منتقل شودو یا اینکه با استفاده از سواب مایع ویزیکول جمع آوری گردد و درون ظرف حاوی محیط VTM در دمای انتقال 8⁰-2 و حداکثر تا 48 ساعت به آزمایشگاه منتقل شود. بعد از نمونه گیری، سطح پوست با استفاده از دزانفکتان استریل گردد.

توجه: قبل از نمونه گیری نباید محل ضایعه بوسیله دزانفکتان استریل شود .

زمان انجام تست: یک شنبه، چهارشنبه 

VZV   Varicella-Zoster Virus) (  

عفونت  VZV عامل آبله مرغان یا واریسلا می باشد که تظاهرات کلاسیک آن به شکل راش های وزیکولار منتشر و در سطح پوست بدن مشاهده می شود. ویروس VZV به دو صورت تماس مستقیم و یااستنشاق آئروسل های ناشی از ضایعات پوستی و تر شحات وزیکول قابل سرایت می باشد.  در بیشتر موارد عفونت خود محدود شونده است ولی در کودکان، افراد بزرگسال و بیماران نقص ایمنی می تواند باعث درگیری CNS  شود. بعد از عفونت اولیه ویروس در گانگلیای حسی به صورت نهفته باقی می ماند، سپس در افراد مسن که دچار ضعف سیستم ایمنی سلولی شده اند دوباره فعال می شود. این فعال سازی می تواند   با راش های پوستی با نام زوستر هرپسی و یا شینگلس  نمایان شود  همچنین می تواند  با در گیری چشم، اعصاب و مننگوانسفایت و واسکویت همراه باشد. تشخیص آزمایشگاهی موارد آتپیک آبله مرغان و زوستر در افراد به خصوص کسانی که   ضعف سیستم ایمنی دارند یا  سابقه دریافت واکسن داشته اند می تواند به تشخیص کمک کند.

 تشخیص:

 انجام تست PCR  بر روی مایع وزیکول و سواب ترشحات وزیکول حساسیت و اختصاصیت بالایی دارد. تست های سرولوژی برای تشخیص عفونت اولیه کاربرد ندارد ولی جهت  شناسایی افراد غیر ایمن می توانند مورد استفاده قرار گیرند.

زمان انجام تست: یک شنبه و چهارشنبه

 Rubella   (سرخجه، سرخک آلمانی، سرخک سه روزه)

بیماری ناشی از ویروس سرخجه شبیه سرخک ولی ملایم تر از آن می باشد و معمولا در فرد آلوده با تب خفیف و بروز جوش  همراه است.  ویروس سرخجه نسبت به سرخک قدرت سرایت کمتری دارد و از طریق  ترشحات  و قطرات تنفسی فرد آلوده و همچنین  تماس مستقیم  منتقل می شود. مانند سایر ویروس های تنفسی به راحتی در سطح خانواده و جوامع منتشر می شود. دوره انکوباسیون بیماری دو هفته است. معمولا علائم بیماری در بیشتر از 50% افراد آلوده مشاهده می شود و چند روز قبل و بعد از بروز جوش عفونت قابل انتقال است.  علائم بیماری شامل تب خفیف،  گلو درد، بروز جوش در صورت و حفره دهان، کونژنکتیویت، لنفوآدنوپاتی و آرتریت (به خصوص در زنان) می باشد .  عفونت اولیه مادر در دوران بارداری می تواند به جنین منتقل شود و منجر به سقط جنین و یا سندرم سرخجه مادرزادی (CRS) گردد. در سه ماهه اول و سوم بارداری ریسک انتقال به جنین بیشتر است در حالیکه خطر نقایص شدید مادرزادی در سه ماهه اول شدیدتر است. ویروس روبلا دارای انولوپ بوده  ژنوم  آن  از جنس RNA   تک رشته ای  سنس مثبت  می باشد.  

تشخیص:

 شناسایی IgM  در سرم یا CSF   می تواند به تشخیص عفونت اولیه کمک کند ولی  اختصاصی نیست و نتایج مثبت کاذب  ناشی از سایر عفونت ها  مثل  پارو ویروس B19 و EBV  می تواند مشاهده شود.   با استفاده از روش ملکولی  ژنوم ویروس را می توان در خون  حاوی EDTA، سرم، پلاسما ( تا 7 روز بعد از تماس با ویروس ) ، سواپ بینی، گلو و نازوفارنژیال، ادرار و CSF شناسایی کرد.

زمان انجام تست: یک شنبه و چهارشنبه

مدت زمان جواب دهی: 72 ساعت

) (rubeola virus) MEASLES VIRUS   ویروس سرخک)

ویروس سرخک ویروسی است شدیدا مسری که از مشخصات بارز آن بروز راش های موربیلی فورم می باشد. از طریق تماس با ترشحات تنفسی افراد آلوده منتقل می شود و دوره انکوباسیون آن تقریبا 14 روز است. علاِئم اولیه همانند عفونت شدید سیستم تنفسی، آبریزش از بینی ، کونژنکتیوتیت و تب بالا می باشد.   انسان تنها میزبان ویروس سرخک می باشد و می تواند بیماری شدید و مرگباری را ایجاد کند ولی خوشبختانه به دلیل وجود واکسن کارآمد، موارد بیماری کاهش یافته است.  ویروس سرخک متعلق به خانواده پارا میکسو ویرویده، دارای پوشش یاانولوپ و ژنوم آن RNA  تک رشته ای سنس منفی می باشد.   

تشخیص: روش رایج جهت تشخیص عفونت حاد ویروس سرخک،  اندازه گیری تیترIgM     و یا افزایش چهار برابری تیتر IgG  می باشد.   با استفاده از روش مولکولی با حساسیت و اختصاصیت بیشتر می توان عفونت حاد ویروس سرخک را شناسایی کرد. 

زمان انجام تست: یک شنبه و چهارشنبه

   ویروس های فرصت طلب مرتبط با سرکوب سیستم ایمنی

بیشتر عفونت های رایج فرصت طلب به وسیله ویروس های نهفته رایج ایجاد می شوند. ویروس های فرصت طلب در سطح بالایی در جمعیت پراکنده هستند و اکثر افراد در دوران کودکی با آن برخورد داشته اند. اغلب این ویروس ها از طریق ترشحات افراد آلوده منتقل می شوند. عفونت اولیه در افراد با سیستم ایمنی کارآمد بدون علامت است ولی عود مجدد در افراد با نقص سیستم ایمنی معمولا همراه است با شدت بیماری و مرگ و میر بالا. تشخیص این عفونت ها سخت می باشد چون ممکن است وجود ویروس مرتبط باعفونت نهفته بوده و نشان دهنده   بیماری فعال نباشد.

  ویروس های مهم مرتبط با پیوند: BK, JC, CMV, EBV  و ویروس های تنفسی

ویروس های مهم  مرتبط با ایدز: HHV-8, HPV, CMV, VZV, HSV  و EBV

 تشخیص کمی این ویروس ها و مانیتورینگ لود ویروس می تواند به تشخیص عفونت فرصت طلب کمک کند. به دلیل نقض سیستم ایمنی این افراد، تشخیص سرولوژی این ویروس ها فاقد اهمیت است . 

CYTOMEGALOVIRUS (  :(CMV

ویروس CMV عضوی از خانواده هرپس ویروس ها(HHV-5)، پوشش دار با ژنوم از نوع dsDNA می باشد. در سطح جمعیت شیوع بالایی دارد(> 60%). مانند سایر اعضای خانواده هرپس ویروس ها عفونت اولیه ناشی ازCMV بدون علامت و یا همراه با علائم خفیف بوده که به دنبال آن در بدن فرد به صورت نهفته تا آخر عمر باقی می ماند. به هر حال عفونت جدید و یا  فعال شدن مجدد عفونت در افراد با نقض سیستم ایمنی می تواند منجر به بیماری شدید در فردآلوده شود. ویروس از طریق مایعات بدن فرد آلوده (بزاق، اشک، ادرار، شیر ، سمن و خون)، انتقال خون، پیوند اعضا و از مادر  به جنین حین عفونت اولیه و عود مجدد عفونت  منتقل می شود. با توجه به اینکه CMVانواع سلول های بدن را می تواند آلوده کند رنژ وسیعی از علائم را در فرد آلوده می تواند ایجاد کند. عفونت در افراد طبیعی و سالم از نظر سیستم ایمنی معمولا بدون علامت و یا همراه با علائمی مثل تب، بد حالی ، فارنژیت و لنفوآدنو پاتی می باشد. ولی در افراد با سیستم ایمنی ضعیف هر ارگانی را می تواند درگیر کند. بیما ری های رایج در این افراد شامل منونوکئوز عفونی، عفونت دستگاه گوارش (تب، درد شکم و اسهال خونی)، ازو فاژیت (تهوع، بدحالی، درد هنگام بلع، اسهال و درد قفسه سینه)، رتینیت در افرادHIV  مثبت با کانت CD4    کمتر از cells/μl 50  که می تواند منجر به کوری در این افراد شود. عفونت اولیه( بادرصدریسک بیشتر) و همچنین فعالیت مجددعفونت نهفته و یا عفونت با سایر استرین های این ویروس در طی بارداری می تواند از طریق جفت به جنین منتقل شود و منجر به عفونت CMV مادر زادی(cCMV ) در جنین شود.  لازم به ذکر است که با افزایش سن بارداری احتمال انتقال از مادر به جنین بیشتر می شود در حالیکه خطر بیماری علامت دار cCMV در سه ماهه اول بارداری بیشتر است. بیماری  cCMV در نوزادن در طی دو تا سه هفته اول بعد از تولد ایجاد می شود و  عفونت بعد از این بازه زمانی از نوع اکتسابی می باشد و ممکن است  نوزاد بعدازتولد به ویروس  آلوده شده باشد. عفونت کونژنیتال در بیشتر مواقع می تواند بدون علامت باشد ولی در تعدادی از نوزادن در هنگام تولد این علائم می تواند مشاهده شود: نقص سیستم عصبی ، میکروسفالی، کم خونی، زردی، مشکل شنوایی، حمله ناگهانی و مرگ.

علائم رایج در افراد پیوندی شامل: تب، لکوپنیا، ترومبوسایتوپنیا، التهاب ارگان ها( هپاتیت، پنومونی و پانکراتیت)، دفع پیوند و مرگ. بیماری معمولا در طی سه هفته بعد از پیوند ایجاد می شود. 

 تشخیص: انجام تست در موارد عفونت خفیف و خود محدود شونده در افراد با ایمنی سالم توصیه نمی شود. تست های مولکولی حساسیت و اختصاصیت بالایی در تشخیص CMV دارند.

افراد آلوده به HIV و دریافت کنندگان پیوند، از نظر عفونت CMV جزو گروه های با خطر بالا در نظر گرفته می شوند و جهت تشخیص و مانیتورینگ عفونت CMV در این افراد تست مولکولی به صورت کیفی و کمی از  حساسیت و اختصاصیت بالایی  برخوردار است.  

نمونه : با توجه به نوع بیماری باید نمونه جمع آوری شود.

مایعات بدن:  مایعات چشم، اجزای خون،CSF ، ادرار، مایع آمنیوتیک،  بزاق

بیوپسی از ارگان های مختلف مثل دستگاه گوارش، پوست ،  شبکیه و ازوفارنژیال

نمونه های تنفسی: سواب گلو، BAL

جهت تشخیص کمی ویرومی در بیماران از نمونه خون استفاده می شود. در موارد ویرمی، حد آستانه استانداردی جهت شروع درمان وجود ندارد(معمولا سطح ویرمی بینIU/mL 3000 -1000(.

BK VIRUS

عفونت ویروس BK معمولا بدون علامت می باشد و در تمام طول عمر در کلیه فرد به صورت نهفته باقی می ماند و از طریق ادرار دفع می شود.    فعال شدن مجدد آن در افراد با سیستم ایمنی سرکوب شده به خصوص درافرادی که پیوند     کلیه و مغز استخوان دریافت نموده اند، اتفاق می افتد. ویروس در سلول های کلیه دوباره فعال شده و تکثیر می یابد و از طریق ادرار دفع می شود البته ویروس در افراد آلوده ویرمی هم می دهد. فعالیت مجدد ویروس می تواند منجر به آسیب کلیوی شود که به آن نفروپاتی مرتبط با BK  (BKVAN) گفته می شود. همچنین می تواند منجر به سیستیک هموراژیک و غیر هموراژیک شود.

  ویروس BK  در خانواده پولیوما ویروس ها قرار دارد. ویروسی است کوچک،  فاقد انولوپ و ژنوم آن از نوع  dsDNA  می باشد. در دوران کودکی تقریبا همه افراد آلوده می شوند. ویروس BK  احتمالا از طریق تنفس منتقل می شود.

تشخیص : ویروس به صورت دوره ای و بدون علامت از طریق ادرار افراد سالم و بیماران پیوندی دفع می شود بنابراین شناسایی ویروس در افراد نشان دهنده بیماری در آنها نیست. تشخیص ویروس با استفاده از تست های مولکولی، در افراد بیمار و علامت دار و همچنین  لود بالا رونده ویروس در بیماران پیوندی از نظر کلینیکی ارزش دارد.

نمونه:

ادرار( حساسیت بالایی دارد): mL 5 -4  

خون(ارتباط مستقیم با عفونت مجدد دارد): اختصاصیت بیشتری دارد  

 روزهای انجام تست: دوشنبه  

  JC VIRUS    (John Cunningham Virus) یا Human polyomavirus 2

 ویروس   JC، همانند ویروس BK در سطح جامعه شیوع بالایی دارد و عفونت ناشی از آن به صورت بدون علامت در تمام طول عمر در بدن فرد باقی می ماند. در افراد با نقض سیستم ایمنی، ویروس می تواند دوباره فعال شود و در فرد آلوده بیماری شدید و کشنده ی  سیستم عصبی مرکزی با عنوان  لکوآنسفالو پاتی مولتی فوکال پیشرونده(PML)ایجاد کند. علاوه بر این فعالیت مجدد JC می تواند منجر به ایجاد نفروپاتی گردد که البته بروز آن کمتر و شدت آن نیز خفیف تر از PML می باشد. این ویروس همانند ویروس BK، در خانواده پولیوما ویروس قرار دارد. ویروسی است کوچک ، بدون انولوپ و ژنوم آن dsDNA می باشد.  در دوران نوجوانی اکثر افراد به ویروس مبتلا می شوند. عفونت اولیه معمولا همیشه بدون علامت بوده و ویروس برای تمام عمر در تمامی بافت های بدن به صورت نهفته باقی می ماند. فعالیت مجدد ویروس به طور عمده در افراد با نقص سیستم ایمنی مثل انواع بدخیمی ها،ایدز، پیوند اعضا و درمان های سرکوب کننده سیستم ایمنی اتفاق می افتد. 

تشخیص: ویروس JC در انواع نمونه ها ( خون،CSF ،ادرار) حتی در افراد بدون علامت و سالم  قابل شناسایی است بنابراین شناسایی ویروس در نمونه افراد بدون علامت و سالم نشان دهنده بیماری نیست.       

  نمونه:

Tissue: بافت کلیه و مغز بهترین نمونه جهت تشخیص عفونت فعال ویروس است.

 : CSF (1-2 ml)

 نمونه خون کامل حاوی :EDTA (3-5 ml) ، پلاسما، سرم (     mL 2- 0.5 )

روز های انجام تست: یک شنبه  

Epstein- Barr virus (EBV) 

ویروس    EBV شیوع بالایی در سرتاسر دنیادارد و مهمترین عامل منونوکلئوز عفونی می باشد. EBV از طریق بزاق منتقل می شود و در سلول های اپیتلیال دهان تکثیر می یابد و سپس وارد خون شده و درون لنفوسیت هایB   برای تمام طول عمر به صورت نهفته باقی می ماند و در طول عمر شدینگ ویروس از طریق ترشحات دهان و حلق به صورت دوره ای اتفاق می افتد به خصوص در میزبان هایی که ضعف سیستم ایمنی دارند. عفونت ویروس EBV از نظر بالینی باچندین  سندرم متفاوت مرتبط است: عفونت در دوران کودکی در بیشتر مواقع بدون علامت است. سندرم منونوکلئوز عفونی که با علائم تب لنفوآدنوپاتی و لنفوسیتوز مشخص می شود، بیماری حاد ناشی ویروس EBV   است که در سنین جوانی(25- 15سالگی) شیوع بالایی دارد.  بیماری لنفوپرولیفرایتو بعد از پیوند (PTLD) (Posttransplant lymphoproliferative disease) در بیماران پیوندی و بعد از سرکوب سیستم ایمنی ایجاد می شود. این سندرم معمولا در اولین سال بعد از پیوند ایجاد می شودو علائم آن شبیه آنفلونزا می باشد و در سیستم عصبی مرکزی می تواند منجر به مننژیت،آنسفالیت و یا سایر ناهنجاری های عصبی شود. همچنین EBV می تواند در سرطان نازوفارنژیال،  بدخیمی های B cell  و لنفوم هوچکین نقش داشته باشد.

EBV یا 4 - HHV در خانواده هرپس ویروس ها قرار دارد. ویروسی است پوشش دار و ژنوم ان از جنس dsDNA می باشد.

تشخیص: روش مولکولی جهت تشخیص و مانیتورینگ انواع سندرم های ناشی از عفونت EBV با حساسیت و اختصاصیت بالا  به صورت کیفی و کمی می تواند مورد استفاده قرار گیرد.

 نمونه : با توجه به نوع بیماری باید نمونه جمع آوری شود.

مایعات بدن: اجزای خون،CSF ، نمونه های تنفسی(سواب گلو، BAL)،  مغز استخوان،   ترشحات چشم، مایع سینوویال، بافت

روز های انجام تست: یک شنبه و چهارشنبه  

  VIRAL MENINGITIS AND ENCEPHALITIS

مننژیت و آنسفالیت ویروسی

مننژیت به التهاب هر یک از لایه های مننژ اطلاق می شود و منجر به حضور WBC در مایع CSF  می شود. مننژیت آسپتیک به حالتی گفته می شود که شواهد آزمایشگاهی و کلینکی التهاب مننژ وجود دارد ولی کشت منفی می شود. 

 HSV    

HSV-2 با فراوانی بیشتر مرتبط است با مننزیت آسپتیک به خصوص در زنان جوان در حالیکه HSV-1 با آنسفالیت مرتبط است. بیشتر موارد مننژیت به دنبال ضایعات تناسلی  اتفاق می افتد.  

  در 13 تا 36 درصد از افرادی که به صورت اولیه به عفونت ژنیتال مبتلا می شوند علائم مننژیت بروز می یابد.HSV2  می تواند منجر به یک نوع مننژ یت لنفوسیتیک خوش خیم عود شونده به نام Mollaret meningitis شود. تشخیص مولکولی   HSV در عفونت های مننزیت و آنسفالیت  اهمیت زیادی دارد به دلیل اینکه ویروس HSV جز موارد ویروس هایی است که با تجویزآسیکلویر درون رگی قابل درمان است.

 HSV-1  مهمترین عامل آنسفالیت ویروسی در سرتاسر دنیاست. آنسفالیت مرتبط با HSV معمولا با تب و علائم نورولوژیک شروع می شود.  

Enteroviruses(EVs)

انتروویروس ها  مسئول رنژ وسیعی از بیماریها مثل مننژیت آسپتیک،انسفالیت ، مایوکاردیت، اگزانتم ، کونژنکتیویت و  هپاتیت  می باشند و همچنین مهمترین عامل مننژیت آسپتیک در کودکان و بزرگسالان به خصوص در فصول تابستان و پاییز می باشد.  این ویروس ها از طریق مدفوعی دهانی منتقل می شوند. مننژیت و آنسفالیت انتروویروسی بیشتر در سنین 14-5 سال دیده می شود. پارتیکل های انتروویروس  فاقد انولوپ و دارای ژنوم تک رشته ای سنس مثبت می باشند. مننژیت انتروویروسی با سردرد و تب شروع می شود در  تعدادی از انترو ویروس ها  علائم تنفسی ، راش و اسهال نیز مشاهده شود.          

VZV

آنسفالیت ناشی از VZV در تمام گروهای سنی می تواند مشاهد شود ولی در گروه سنی 50-40 سال به خصوص  در افرادیکه به نقض سیستم ایمنی مبتلا هستند بیشترین میزان بروز را دارد.  در بیشتر مواقع بیماری با بروز راش شروع می شود.    

HIV

علائم عصبی در تقریبا 20 درصد از افرادی که به صورت حاد با HIVآلوده شده اند دیده می شود. عوارض عصبی می تواند به اشکال مننژیت، مننگوانسفالیت و آنسفالیت دیده شود.   معمولا عوارض عصبی  HIV تقریبا سه ماه بعد از شروع عوارض حادHIV اتفاق می افتد و با سایر عوارض مثل راش، بدحالی، لنفوآدنوپاتی، فارنژیت، کاهش وزن و علائم نورولوژی مثل سردرد، تشنج همراه است.  جهت تشخیص با روش PCR، از نمونه خون وCSF  می توان استفاده کرد.

 سایر عوامل ویروسی و باکتریایی مرتبط با مننژیت و آنسفالیت عبارتند از    CMV ، Mumps   EBV, HHV6,  HHV-7,  HHV-8,  parvovirus B19,  Polyomavirus JC  , Measles   parechovirus,  Escherichia coli, ، ,Listeria monocytogenes  Neisseria meningitidis ، Streptococcus agalactiae (Group B Strep)، Streptococcus pneumoniae، Haemophilus influenza

تشخیص : روش pcr  روش گلداستاندارد در تشخیص  عوامل ویروسی و باکتریایی دخیل در مننژیت و آنسفالیت می باشد که با سرعت و دقت زیاد به صورت مولتیپلکس  قادر به شناسایی این عوامل می باشد.

  نمونه مورد نیاز و حجم نمونه :

 ml2-0.5   CSF:

Serum: 3-2 mL

Plasma (EDTA):3-2 mL

Whole blood (EDTA): 5 mL

          ضایعات پوستی : مایع درون ویزکولهای پوستی با استفاده از سرنگ جمع آوری و به آزمایشگاه منتقل شودو یا اینکه با استفاده از سواب، مایع ویزیکول جمع آوری شده درون ظرف حاوی محیط VTM قرار داده شود  و در دمای انتقال 8⁰-2 و حداکثر تا 24 ساعت به آزمایشگاه منتقل شود. بعد از نمونه گیری سطح پوست با استفاده از دزانفکتان استریل گردد.

 زمان انجام تست: روزانه

 در مورد انتروویروس ها علاوه بر CSF، از سواپ گلو و نازوفارنژیال، پلاسما و  مدفوع  می توان  جهت تشخیص  استفاده نمود. البته وجود ویروس در مدفوع و مجاری تنفسی به طور قطع نشان دهنده عفونت فعال نیست.   

  CONGENITAL AND PERINATAL VIRAL INFECTIONS (TORCH)

عفونت های قبل از تولد مهمترین عامل مرگ جنین  بوده و در صورت زنده ماندن جنین این عفونت ها می تواند مهمترین عامل  بیماری کودک بعد از تولد باشد. عوامل ایجاد کننده عفونت های قبل از تولد به صورت مخفف    TORCH نامیده می شود که از حرف اول عوامل: Toxoplasmosis   HSV and  CMV ,  Rubella , Syphilis [Other],  گرفته شده است.  غیر از این عوامل، ویروس های HIV-1،  HBV، HCV، Parvovirus B19 ،  VZV، enteroviruses، Zika virus و SARS-COV2 نیز می توانند از طریق جفت در حین بارداری به جنین منتقل شوند.

عفونت های Rubella، HSV، CMV در قسمت های دیگر این دفترچه به طور کامل توضیح داده شده اند.

    TOXOPLASMA GONDII (TOXOPLASMOSIS)            

        توکسوپلاسما گوندای یک انگل پروتوزایی از شاخه اپی کمپلسا می باشد که بین انسان و  سایر حیوانات اهلی  و وحشی  به خصوص گوشتخواران پراکنده است. عفونت در افراد با سیستم ایمنی کارآمد معمولا بدون علامت است ولی در افراد با نقض سیستم ایمنی می تواند  با  عوارض پیچیده ای  همراه گردد. عفونت جنین   با توجه به زمان عفونت می تواند  منجر به مرگ جنین  و یا  بروز  عوارض مادر زادی در کودک  شود.

مرحله جنسی تکثیر انگل در سلول های اپیتلیال  روده گربه و گوشتخواران انجام میگیرد.  اووسیت های نابالغ از طریق مدفوع دفع شده در طی 2 تا 21 روز، در شرایط محیط بالغ و عفونی  می شوند. اووسیت های بالغ از طریق بلع وارد بدن انواع مهره داران  شده و می تواند انواع سلول های هسته دار را آلوده کند. روند تکثیر در سلول های آلوده می تواند منجر به مرگ سلول های آلوده در مرحله حاد بیماری شود. به محض فعال شدن سیستم ایمنی، ارگانیسم کیست های بافتی را تشکیل می دهد.  وجود این کیست ها از مشخصه عفونت مزمن می باشد.

انسان ازطریق خوردن گوشت خام و یا نیمه پخته آلوده به کیست و همچنین از طریق بلع اووسیت های بالغ و عفونی موجود در سطح وسایل آلوده به مدفوع گربه آلوده می شود. استنشاق گرد و غبار آلوده و یا نوشیدن آب و یا شیر آلوده می تواند منجر به همه گیری در سطح جمعیت شود. علاوه بر این، عفونت از طریق انتقال خون، پیوند اعضا و از مادر به جنین منتقل می گردد.  در بیشتر موارد عفونت بدون علامت است  و یا  همراه با  تب و لنفوآدنوپاتی  می باشد  که می تواند با سایر عفونت ها مثل منونوکلئوز عفونی و  مرحله حاد عفونت  HIV  اشتباه گرفته شود. عفونت مادر زادی زمانی اتفاق می افتد که مادر در حین بارداری به عفونت اولیه مبتلا گردد. زمان آلوده شدن مادر شدت عفونت نوزاد را تعیین می کند. عفونت در نیمه اول بارداری می تواند منجر به مرگ جنین ، میکروسفالی، هیدروسفالی  همراه با کلسیفیکاسیون درون جمجمه گردد.  در صورتیکه
  مادر در نیمه دوم بارداری آلوده گردد، معمولا نوزاد در هنگام تولد بدون علامت است و در مواردی علائمی مانند تب، زردی و هپاتواسپلنومگالی دیده می شود.   در این نوع عفونت ممکن است ماهها  یا سال های بعداز تولد  کوریورتینیت ، عقب ماندگی ذهنی، و تشنج بروز یابد. لازم به ذکر است که عدم یا وجود علامت  در مادر هنگام ابتلا به عفونت، ربطی به خطر انتقال عفونت به جنین ندارد.

 درافرادی که نقص سیستم ایمنی دارند به خصوص افراد مبتلا به ایدز،  عفونت  توکسوپلاسما می تواند با درگیری CNS  همراه  شود. سایر تظاهرات کلینیکی و پاتولوژیکی  در افراد آلوده شامل  پنومونی، مایوکاردیت، رتینیت، پانکراتیت و اورکیت می باشد.  تشخیص کلینیکی توکسوپلاسما  اغلب به سختی  و با استفاده از اتوپسی انجام می گیرد.  تشخیص سرولوژی  در افراد با سیستم ایمنی سالم نقش مهمی دارد.  تولید آنتی بادی در طی یک تا دوهفته شروع  شده  و در طی 6 تا 8 ماه  به بالاترین حد خود میرسد. آنتی بادی IgM   اختصاصی به مدت یکسال قابل شناسایی است و در کنار آن باید وجود IgG  نیز بررسی شود.  با این حال باید در نظر داشت که تیتر آنتی بادی در افرادی که  به عفونت چشمی مبتلا می شوند پایین است.   همچنین در افراد با نقص سیتم ایمنی، عفونت توکسوپلاسما از نوع اکتیو بوده  و تقریبا همیشه مقدار آنتی بادی IgG   از قبل در سرم این افراد وجود دارد و تیتر IgM  غالبا در این افراد پایین است.  با استفاده از IgG  اویدیتی  ممکن است بتوان بین عفونت حاد و گذشته تمایز قائل شد.

تشخیص توکسوپلاسما با استفاده از PCR

 به منظور تشخیص آنسفالیت ناشی از توکسوپلاسما، بیماری منتشره و عفونت دوران  جنینی بهترین روش تشخیص استفاده از تست PCR می باشد. 

 نوع نمونه  و حجم مورد نیاز:  

Blood in EDTA:     3-5 ml  

    (در مورد کودکان و نوزادان مقدار کمتر هم قابل قبول است). نمونه خون در طی 6 ساعت سانتریفوژ شده و پلاسما جدا گردد.

 CSF, Amniotic fluid ،serum, plasma: 2-1 ml  

نمونه ها در دمای 8-2 درجه به آزمایشگاه منتقل گردد. پلاسما نباید به تکرار فریز و ذوب شود.

Ocular fluid :  دمای 8-2 درجه در طی 48 ساعت به آزمابشگاه منتقل شود. 

Tissue: نمونه های بیوپسی شده باید درون نرمال سالین به صورت فریز شده و بر روی یخ به آزمایشگاه منتقل شود.

  بافت های پارافینی در دمای اتاق نگهداری و منتقل   شوند. 

زمان آنجام آزمایش: روزانه

   بیماریهای انتقالی از تماس جنسی  (STD ) (   (sexually transmitted diseases  

  بیماریهای انتقالی از طریق  تماس جنسی  (STD )   نامی کلی برای بیماریهای گوناگونی است که از طریق انواع روشهای آمیزش جنسی)دهانی، مهبلی، مقعدی( انتقال مییابند. پاتوژن های عامل بیماریهای منتقله از طریق جنسی می توانند شامل ویروس ، باکتری، قارچ وانگل های تک سلولی   باشند.   بیشتر افراد مبتلا به STD بدون علامت بوده و یا علائم خفیفی از عفونت را تجربه می کنند.این افراد بدون انجام تست ودرمان به موقع می توانند مشكلات بهداشتي حادي را برای فرد، خانواده و جامعه به وجود می آورند. طبق آمارهاي موجود شيوع اين بيماريها در جهان رو به افزايش است. زنان به دلایل مختلف فيزيولوژيک و شرایط اجتماعي از هر لحاظ نسبت به بيماريهاي مقاربتي آسيب پذيرتر از مردان می باشند و می توانند در معرض   بيماريهاي التهاب  لگن، نازايي ، حاملگي خارج رحمي، سرطان دستگاه تناسلي و حاملگي ناموفق قرار گیرند.

  یازده عامل پاتوژن مرتبط با بیماریهای مقاربطی شامل نایسریا گنوره، کلامیدیا تراکومایتیس، مایکوپلاسما هومینیس، اوره آپلاسما اورآلتیکوم، اوره آپلاسما پاروم، تریکوموناس واژینالیس، مایکوپلاسما ژنیتالیوم، تریپونما پالیدیدوم و HSV1, HSV2   به طور همزمان و به صورت پنل شناسایی می شود. 

   هدف از انجام تست، غربالگری STD ، شناسایی و درمان افراد آلوده پیش از پیشرفت بیماری و انتقال به دیگران می باشد.   

   نمونه های مورد نیاز برای انجام تست

سواپ واژن،  نمونه دهانه رحم( ( Endocervical specimen، نمونه مجرا، مقعد، ، نمونه ادرار و مایع وزیکولار

   نمونه گیری از خانم ها

24 ساعت قبل از نمونه گیری باید از استفاده از هرنوع آنتی بیوتیک و     از کرم های واژنی اجتناب شود. دوران قاعدگی روی نتایج این تست اثر نمی گذارد.

  نمونه‌برداری از دهانه رحم 

نمونه دهانه رحم معمولا جهت تشخیص پاتوژن های ایجاد کننده سرویسیت و همچنین تشخیص عفونت های منتقله از طریق تماس جنسی( به عنوان مثال C. trachomatis, N. gonorrhoeae)درافراد بدون علامت گرفته می شود. نمونه جهت تشخیص عفونت های میکروبی  باید با سواب های   پلی استر و دسته پلاستیکی و یا براش مخصوص  گرفته شود . به منظور تشخیص C. trachomatis, N. gonorrhoeae قبل از نمونه برداری باید ترشحات رحم برداشته شود. سواب یا براش باید وارد کانال رحم شده و به اندازه 10 تا 30 ثانیه  بر روی دیوار رحم کشیده شود و بدون اینکه با دیواره واژن برخورد داشته یاشد بیرون کشیده  و درون لوله استریل حاوی محیط ترانسپورت مناسب و دمای یخچال به آزمایشگاه منتقل شود. 

   در صورت مشاهده سطوح مخاطی درگیر، نمونه باید مستقیمااز سطوح   درگیر جمع آوری شود. بایددقت شود که به میزان کافی سلول های اپیتلیال آلوده با استفاده از سواب یا براش  برداشته شود.

در مورد خانم ها هر دو نمونه واژن و دهانه رحم مورد قبول است.

ترشحات زخم موجود در ناحیه نمونه مناسبی نیست و باید قبل از جمع آوری نمونه با سواب یا براش برداشته شود.

  جنس  سواب باید از نوع داکرون یا  ریون با دسته پلاستیکی و یا فلزی باشد.

  نمونه گیری از آقایان

 جهت تشخیص عفونت منتقله از طریق جنسی در آقایان  سواب مجرا  (urethral swab) و ادرار(first-voided urine   ) می تواند استفاده شود. بهتر از است که سواب مجرا حداقل دوساعت بعد از دفع ادرار گرفته شود.

   نمونه سواب مجرا

نمونه سواب مجرا  با استفاده از سواب مخصوص اوروژنیتال گرفته  شود.  باید به اندازه 1.5 تا 2 سانتی متر به درون مجرا  وارد و در یک جهت به مدت 5 ثانیه چرخانده وبعد از  بیرون کشیدن درون لوله استریل حاوی مایع ترانسپورت قرار داده و به آزمایشگاه در دمای یخچال منتقل گردد. 

  لازم به ذکر است که  اگر فرد رابطه جنسی مقعدی داشته باشد،سواب مقعدی  هم می تواند جهت تشخیص عفونت مورد استفاده قرار گیرد.  

  نمونه ادرار

  به بیمار آموزش داده شود که ادرار خود را به مدت حداقل دوساعت نگه داشته باشد(نمونه مطلوب برای آزمایش مولکولی ، نمونه ای است که حداقل دو ساعت در مثانه مانده باشد).به مقدار 20-10 میلی لیتر ازابتدای ادرار خود رادرظرف استریل جمع آوری نماید. در دمای 8⁰-2 به آزمایشگاه منتقل شود. در دمای 4 درجه ادرار تا سه روز قابل نگهداری است.
  نمونه گیری از ضایعات ویزیکولار

در صورتیکه در ناحیه ژنیتال ضایعات وزیکولی وجود داشته باشد مایع وزیکول با استفاده از سرنگ سایز کوچک کشیده شود. در صورتیکه فقط یک عدد ویزکول کوچک در ناحیه موجود سقف ویزیکول با استفاده ازتیغ جراحی استریل برداشته شود و سواپ به منظور جمع آوری سلول به شدت به کف ضایعه کشیده شود. سواب درون لوله استریل حاوی محیط ترانسپورت در دمای یخچال به آزمایشگاه منتقل شود. بعد از نمونه گیری سطح پوست با استفاده از دزانفکتان استریل گردد.

زمان انجام تست: هفتگی   

بورلیا بورگدوفری(Borrelia burgdorferi)، (عامل بیماری لایم)

بیماری لایم شایعترین عفونتی است که از طریق کنه به انسان منتقل می شود. 

جنس بورلیا شامل چندین گونه است که در دو گروه فیلوژنیک دسته بندی می شود که عبارتند از گروه بورلیا بورگدوفری (Bbsl) sensu lato و گروه تب راجعه. مهترین گونه های بیماری زای گروه اول  شامل   B. garinii, B. afzelii  و B. burgdorferi sensu stricto  می باشد.

 تظاهرات بالینی بیماری لایم مولتی سیستم و مولتی استیج است به همین دلیل می تواند با سایر ناهنجاری های التهابی و ایمنی اشتباه گرفته شود. تظاهرات بالینی بیماری لایم به سه مرحله تقسیم می شود. 1- فاز موضعی اولیه که ضایعه در محل تلقیح تشکیل می شود. 2- فاز انتشار که در این فاز،اسپیروکت در کل بدن پراکنده می شود و می تواند با مشکلات پوستی، قلبی و عصبی نمایان شود. 3- فاز سوم بیماری که با تظاهرات روماتولوژِی(منو آرتریت و پلی آرتریت)، عصبی و پوستی همراه است. اولین مرحله کلینیکی تقریبا یک هفته بعد از گزش کنه آلوده ایجاد می شود. در 70 تا 80 درصد موارد ضایعه به صورت ماکول یا پاپول بدون درد در اطراف محل تلقیح ایجاد و گسترش می یابد که به آن اریتم مهاجر(EM (گفته می شود و در 37% افراد ضایعه به شکل چشم گاو مشاهده می گردد. ضایعه معمولا با علاِئم غیر اختصاصی مثل تب، لرز، بد حالی ،سردرد، خستگی و تورم غدد لنفاوی و درد عضلات و مفاصل همراه است. در فاز دوم بیماری ارگان های مختلف مثل قلب و عروق، چشم و عصب درگیر می شود. مهمترین عارضه فاز سوم بیماری آرتریت است که در بیشتر از  نیمی از بیماران درمان نشده بروز می نماید و  در تعدادی از بیماران  عود مجدد آرتریت به صورت متناوب مشاهده می گردد. ممکن است عوارض عصبی و پوستی مزمن تا مدتها در تعدادی از بیماران باقی بماند. مشاهده اریتم مهاجر(EM ( قطعی ترین روش شناسایی بیماری لایم می باشد. در تشخیص آزمایشگاهی، تست های سرولوژی بیشترین کاربرد را دارد باید توجه نمود که در تشخیص سرولوژی لازم است که 1 تا دو هفته از شروع علائم گذشته باشد و همچنین به دلیل حساسیت پایین و واکنش متقاطع با سایر آنتی ژن ها و ناتوانی در تشخیص عفونت حاد از مزمن ارزش تشخیصی قابل قبولی ندارند. بنابراین شناسایی DNA Bbsl با استفاده از PCR جهت شناسایی عفونت حاد می تواند مفید باشد. 

تشخیص با استفاده از PCR: تشخیص با استفاده از PCR باید با توجه به تظاهرات بالینی و در فاز حاد بیماری و قبل از سروکانورشن انجام گیرد.   

نمونه:

 mL)   2-1Synovial fluid: (     

Tissue (synovial biopsies و skin biopsies)  

ml2-0.5     CSF:

  Whole blood (EDTA): 5 mL

    نحوی انتقال نمونه: خون و بافت پارافینه: در دمای اتاق

:  CSF, Synovial fluid ،بیوپسی از نقاط مختلف بدن ، دمای یخچال

زمان  انجام تست : روزانه 

  Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC)

 جنس مایکوباکتریوم در خانواده مایکوباکتریاسه قرار دارد. اعضای جنس مایکوباکتریوم بر اساس  معیار پزشکی به دو دسته تقسیم می شوند:      کمپلکس مایکوباکتریوم عامل ایجاد سل ریوی(TB) بوده و  شامل  یاکتری های M. tuberculosis ، M. bovis، (BCG)   strain   M. bovis Bacille Calmette-Guérin،  M. caprae ،  M. pinnipedii ، M. africanum و M. canettii. می باشند. و  مایکو باکتریوم های غیر سلی یا (NTM)   که می‌توانند بیماری‌های ریوی شبیه سل، لنفادنیت، عفونت‌های پوستی یا منتشر ایجاد کنند.  سل ریوی ازمهمترین مشکلات بهداشتی در سطح جهان می باشد. باسیل توبرکلوز در درجه اول در اثر تماس نزدیک با افراد آلوده و از طریق استنشاق قطرات تنفسی منتقل می شود. سل خارج ریوی معمولا چندین ارگان را درگیر می کند به خصوص در افراد با سیستم ایمنی ضعیف مثل  افراد آلوده به HIV. باسیل توبرکلوز می تواند غیر از ریه، غدد لنفاوی، مغز استخوان، دستگاه گوارش و کلیه را درگیر کند.     

با استفاده از روش  مولکولی با سرعت  حساسیت و اختصاصیت زیاد  می توان  تمامی اعضای کمپلکس مایکوباکتریوم رادر انواع نمونه ها  شناسایی نمود.

نمونه :

 Sputum، BAL fluid,، pleural fluid،  خون،  مغز استخوان،  بافت ارگان های درگیر، ادرار، مدفوع ، آسپره یا بیوپسی غدد لنفاوی، CSF، مایع سینوویال

زمان انجام تست: شنبه، دوشنبه و چهارشنبه

مایکو باکتری های غیر سلی یا (NTM)( مایکوباکتریوم های آتپیک)( مایکوباکتریوم های محیطی)

 تا بحال نزدیک به 200 گونه مایکوبکتریوم های غیر سلی شناخته شده است.  باکتری های NTM، ارگانیسم های محیطی هستند و از خاک، گرد و غبار و آب می توانند جدا شوند. مایکوباکتریوم های NTM   پاتوژن های فرصت طلب هستند و بیشتر افرادی که بیماری  ریوی زمینه ای و یا سیستم ایمنی ضعیف دارند را درگیر می کنند. معمولا به صورت مستقیم و از طریق فرد به فرد منتقل نمی شوند. مایکو باکتریوم های گروه NTM می توانند قسمت های مختلف بدن را آلوده کنند ولی عفونت ریه ، پوست  بافت های نرم بدن، غدد لنفاوی، خون و سایر قسمت های استریل بدن به خصوص در افرادی که سیستم ایمنی ضعیف دارند بیشتر گزارش شده است.

 تشخیص

با استفاده از روش  مولکولی با سرعت  حساسیت و اختصاصیت زیاد  می توان  تمامی  مایکوباکتریوم های NTM رادر انواع نمونه ها  شناسایی کرد و تعیین تایپ کرد.

نمونه :

 Sputum، BAL fluid,، pleural fluid،  خون،  مغز استخوان،  بافت ارگان های درگیر، ادرار، مدفوع ، آسپره یا بیوپسی غدد لنفاوی، CSF، مایع سینوویال 

زمان انجام تست: شنبه، دوشنبه و چهارشنبه

Aspergillus spp

 گونه های قارچی موجود در جنس آسپرژیلوس، گروهی از قارچ های کپکی هستند که در محیط با فراوانی زیاد موجود می باشند.این گروه از ارگانیسم ها می توانند رنژ وسیعی از عفونت ها مثل عفونت های محدود شونده به عضو خاص( سینوزیت ، کراتیت، عفونت گوش و عفونت دستگاه تنفسی) و عفونت های مهاجم  را ایجاد کند.

 آسپرژیلوزیس مهاجم به عنوان یکی از رایج ترین عفونت های قارچی فرصت طلب در بیماران با نقص سیستم ایمنی می باشد.

تشخیص

با استفاده از روش  مولکولی با سرعت  حساسیت و اختصاصیت زیاد  می توان  تمامی گونه ای آسپرژیلوس را شناسایی کرد.  

نمونه

Bronchoalveolar Lavage (BAL), pleural fluid, tissue, Sputum, CSF, blood in EDTA, plasma, serum,

    زمان انجام تست: شنبه، دوشنبه و چهارشنبه

   Mucormycetes

موکورمایست به گروهی از قارچ های کپکی موجود در محیط اطرف ( خاک و هوا) گفته می شود که منجر به عفونت جدی و نادر موکورماسیس به ویژه در  افرادیکه ضعف سیستم ایمنی دارند ویا بیمارانیکه مبتلا به  دیابت، نوتروپنی و هموکروماتوز هستند و یا کسانیکه به مدت طولانی کورتیکواستروئید دریافت کرده اند می شود.          

   موکورمایکوسیس می تواند قسمت های مختلف بدن از جمله سینوس ها، ریه، پوست، دستگاه گوارش رادرگیر کند همچنین موکورمایکوسیس می تواند منجر به عفونت منتشر در افراد پرخطر شود.  

 تشخیص

به دلیل اینکه موکورمایکوسیس یک عفونت مهاجم و تهدید کننده زندگی است تشخیص سریع و دقیق آن با روش مولکولی می واند به روند درمان بیمار کمک کننده باشد. 

نمونه

Bronchoalveolar Lavage(BAL), pleural fluid ,    blood in EDTA,  plasma, serum, CSF,  tissue,  biopsy 

    زمان انجام تست: شنبه، دوشنبه و چهارشنبه 

Brucella

گونه های بروسلا باکتری های داخل سلولی هستند که رنژ وسیعی از حیوانات  و از جمله انسان  را آلوده می کنند.  بنابراین در بیشتر مواقع افرادی که با حیوانات در ارتباط هستند مثل دامداران ، دامپزشکان و همچنین کارکنان آزمایشگاه در خطر ابتلا به این باکتری هستند.  انسان از طریق تنفس قطرات آئروسل، تماس مستقیم با  اجزای آلوده مثل لاشه حیوانات آلوده، ادرار، ترشحات واژن ، جنین و خوردن  لبنیات پاستوریزه نشده می تواند آلوده شود.  باکتری بروسلا می تواند در انواع ارگان های مختلف  مثل کبد، طحال، مغز استخوان ، ریه  و مجاری ادراری- تناسلی به صورت درون سلولی و به دور از سیستم ایمنی تکثیر یابد و تولید گرانولوما نماید. دوره انکوباسیون بیماری 4-1 هفته است . علائم عفونت معمولا غیر اختصاصی است . عوارض عفونت بروسلوز می تواند شامل سپتیسمی، استئومیلیت، اورکیت، کاردیاک و تظاهرات عصبی باشد.

تشخیص

  با استفاده از روش  مولکولی با سرعت ،  حساسیت  بالاتر نسبت به کشت و اختصاصیت بیشتر نسبت به روش سرولوژی  می توان  عفونت بروسلوز را  تشخیص داد. 

نمونه

BAL, Sputum, Body Fluids     Pleural Fluid, CSF,   tissue,   Blood,   

 زمان انجام تست: شنبه، دوشنبه و چهارشنبه